法院会依法处理合建房屋分割协议。依据《物权法》等，分割应有利于生产生活，不损害效用。不及时处理可能导致权益受损或矛盾升级。
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合建房屋分割需依法处理。具体操作：1. 协商分割，达成一致后签订书面协议；2. 协商不成，申请调解或仲裁；3. 若仍无法解决，向法院起诉，提交证据，等待裁决。
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处理合建房屋分割协议，常见方式有协商、调解、诉讼。协商不成可寻求调解，仍无法解决则提起诉讼，根据法院裁决来分割。