个体工商户遇员工私下收费，应首先协商处理。依据《刑法》等相关法律，此属职务侵占，数额较大可构成犯罪。若不及时处理，可能导致财产损失、信誉受损等严重后果。
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遇到此类情况，常见处理方式有协商、诉讼、报警。建议先尝试与员工协商，无法解决时根据具体情况选择诉讼或报警，以确保权益得到保护。
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员工私下收费，需及时处理。具体操作：1.立即与员工沟通，了解原因，要求退还费用；2.若协商无果，保留证据，联系律师提起诉讼；3.涉及刑事犯罪时，立即报警，配合警方调查。