在煤气厂店面转让协议中，若未明确转让费用的支付方式，可能会导致协议存在漏洞，进而影响双方权益。根据《民法典》合同编的相关规定，合同内容应当具体明确，以便于履行。若支付方式不明确，双方可能会因此产生纠纷，需要通过法律途径解决。此时，法院可能会根据双方的实际履行情况、交易习惯等因素，来判断支付方式，但这无疑会增加诉讼成本和不确定性。因此，建议在签订协议时务必明确转让费用的支付方式。
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从法律角度，煤气厂店面转让协议应包含以下关键条款以确保双方权益：明确转让的店铺位置、面积及租赁权益；规定转让后乙方需履行的原租赁合同条款；确认店铺装修、设备及营业设备的归属；明确转让费用的支付方式和时间；划分转让前后的债权债务责任；约定因不可抗力或政府规划导致的补偿归属；以及协议的生效条件和双方各执一份的约定。这些条款能够确保协议内容全面、具体，有效保护双方合法权益。
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若煤气厂店面转让协议中的转让费用支付方式有多种选择，双方应在协议中明确约定优先选择的支付方式，并规定在何种情况下可以变更支付方式。同时，还应约定变更支付方式的程序和条件，以避免因支付方式变更而产生纠纷。在实际操作中，双方应严格按照协议约定的支付方式执行，确保交易顺利进行。